기독교적인 입장에서 윤회를 보는 견해는 많은 변화가 있었다. 초기 기독교 초기 시대에는 윤회사상을 받아들이고, 기독교의 교리를 전파하는 과정에서 윤회사상에 관한 설교를 했다고 한다. 하지만 기독교에서 윤회사상을 이단으로 규정하기 시작했다.

이유는 533년에 콘스탄티노플에서 열린 기독교의 종교회의에서 이단으로 규정하게 되었다. 이 종교 회의는 발전이 더딘 교회를 부흥하기 위하여 대책을 마련하기 위한 회의였으나 여기서 교회의 발전을 저해하는 여러가지 사상들을 이단으로 규정하여 기독교에서 거론치 않기로 결론을 내렸다. 이때 이단으로 규정받은 것 중의 하나가 윤회사상이다. 이 종교 회의 이후 윤회사상은 기독교에서 공개적인 언급은 절대적으로 금기시 되었고, 이를 언급한 사람은 사형에 처하는 중형을 내리기도 하였다.

종교회의에서 이단으로 규정받은 이후 지금까지 기독교에서 윤회는 이단으로 취급 받고 있다. 기독교적 윤리관과 절대적으로 배척되는 사상이다. 그러나 아이러니하게도 성경 구절의 여러 부분에서 윤회와 관련된 사실을 발견할 수 있다. 하지만 인간은 윤회에 의해서가 아니라 하나님이라는 창조주가 새로이 창조한 창조물이라고 각인되어 온 기독교적인 입장에서는 받아들이기 어려운 실정이다.

기독교의 초기에는 윤회사상을 받아들이고 설교를 했다고 하지만 533년 콘스탄티노플에서 열린 기독교의 종교회의에서 교회의 발전을 저해하는 여러 가지 견해들에 대해서 이단으로 규정하게 되었는데 이 때 윤회사상도 교회의 발전을 저해하는 이단으로 규정되어 그 후 공개적인 논의가 금지되었고, 이탈리아의 철학자 조르디다노는 공공연히 윤회 사상을 가르치다가 화형을 당하기도 했다.
현재의 성경 곳곳에서도 윤회사상으로 해석할 수 있는 내용들을 찾아볼 수 있으나 인간은 하느님에 의해서 창조되었고 사후에도 하느님만이 심판하고 부활시킬 수 있다고 믿는 기독교인들에게는 아직도 윤회사상은 이단으로 취급되고 있다.